Zarówno przedsiębiorcy (w tym osoby prawne) jak i osoby nieprowadzące działalności gospodarczej (tzw. osoby fizyczne) mogą zostać objęte kontrolą prawidłowości rozliczeń zobowiązań podatkowych.
Podatnicy spotkać się mogą z kontrolą prowadzoną przez Naczelników Urzędów Skarbowych, Naczelników Urzędów Celnych, Dyrektorów Urzędów Kontroli Skarbowej, a także organów podatkowych pionu samorządowego (Wójtów, Burmistrzów oraz Prezydentów Miast). W praktyce najdonioślejsze znaczenie mają działania trzech pierwszych organów.
Najważniejszym zadaniem Naczelnika Urzędu Skarbowego jest ustalenie lub określenie oraz pobranie podatków państwowych: podatek dochodowy od osób fizycznych, podatek dochodowy od osób prawnych, podatek od towarów i usług (w obrocie wewnątrzkrajowym), podatek tonażowy oraz podatków samorządowych: podatek od czynności cywilnoprawnych, podatek od spadków i darowizn, karta podatkowa. W tym celu Naczelnik Urzędu Skarbowego może prowadzić kontrolę podatkową uregulowaną przepisami Ordynacji podatkowej.
Z kolei właściwość Naczelnika Urzędu Celnego obejmuje wymiar, pobór i kontrolę podatku akcyzowego i opłaty paliwowej, podatku od gier oraz dopłat, o których mowa dopłat, o których mowa w ustawie z dnia 19 listopada 2009 r. o grach hazardowych, podatku od wydobycia niektórych kopalin, dokonywanie wymiaru i poboru podatku od towarów i usług z tytułu importu towarów. Przy czym w sprawach dotyczących ulg w spłacie zobowiązań podatkowych i zwrotu nadpłaty organem podatkowym jest Naczelnik Urzędu Skarbowego.
Dyrektorzy Urzędów Kontroli Skarbowej mogą kontrolować osoby fizyczne, osoby prawne i jednostki organizacyjne nieposiadające osobowości prawnej, będące podatnikami, płatnikami oraz inkasentami podatków i innych należności budżetu państwa. Z reguły kontrole te dotyczą dużych podmiotów gospodarczych lub spraw „dużego kalibru”. Organ ten prowadzi kontrolę skarbową uregulowaną w Ustawie o kontroli skarbowej z dnia 28 września 1991 roku. W zakresie nieuregulowanym tą ustawą stosuje się przepisy Ordynacji podatkowej. Organ kontroli skarbowej może w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego przeprowadzić kontrolę podatkową (w praktyce w zakresie badania rzetelności ksiąg podatkowych).